2026 양도세 장기보유특별공제 폐지 보유세 공정시장가액비율과 종부세 전망 완벽 정리

며칠 전 부동산 커뮤니티를 둘러보다가 장기보유특별공제 폐지 이야기가 나오더군요. 1세대 1주택자들 사이에서 보유세와 종부세 부담이 확 늘어날 거라는 우려가 자자하지만, 정작 정확한 내용을 아는 분은 많지 않은 것 같습니다. 제가 직접 국세청 공식 홈페이지를 찾아가며 법령 하나하나를 확인해보니, 장특공제가 완전히 사라지는 건 아닙니다만 고가주택 기준이나 공정시장가액비율 변화로 인해 과세 체계가 예전보다 훨씬 까다로워지고 있더군요. 특히 보유세 계산 공식에서 공정시장가액비율이 얼마나 오르느냐에 따라 실 부담액이 천차만별로 달라지기 때문에 꼼꼼히 짚고 넘어가야 합니다. 아래 목차에 국세청 공식 자료를 바탕으로 한 계산 예시와 2026년 전망까지 정리해두었습니다. 참고하시길요.

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구분	현행 (2026년 상반기)	개정안 (2026년 하반기 이후)
장기보유특별공제	보유기간별 공제율 최대 80% (보유 40% + 거주 40%)	폐지 → 평생 2억 원 한도 세액공제로 전환 (의안 제2218197호)
고가주택 과세 기준	양도가액 12억 초과분만 안분 과세	동일 (12억 초과분 과세 유지)
공정시장가액비율	1세대1주택 45% (일반 60%)	65% 상향 검토 (시행령 개정)
종부세 세율	과세표준 구간별 0.6~3.0% (다주택 중과시 최대 5.0%)	0.1~0.5%p 인상 전망, 실거주 요건 강화

장기보유특별공제 폐지? 현황과 진실

2026년 6월 국민참여입법센터에 등록된 의안 제2218197호는 장기보유특별공제(장특공제)를 폐지하고 대신 1인당 평생 2억 원 한도 세액공제를 도입하는 내용을 담고 있습니다. 이 개정안은 소득세법 제95조를 삭제하고 제90조의2를 신설하는 방식으로 추진되고 있으며, 지방선거 이후 시장 상황을 고려해 최종 확정될 예정입니다.

장특공제 폐지안의 구체적인 내용과 입법 진행 상황

현재 국회 재정경제기획위원회에 회부된 상태로, 2026년 6월 3일 지방선거 이후 정부의 부동산 세제 개편 방향에 따라 속도가 조절될 전망입니다. 세무 업계에 따르면 정부는 실거주 중심 과세 원칙을 강화하기 위해 장특공제를 세액공제로 전환하는 방안을 유력하게 검토 중입니다. 고가주택의 장기투자수익률이 지나치게 높아지면서 강남 등 상급지의 '똘똘한 한 채' 현상이 심화되고, 수도권 집값 상승을 부추긴다는 지적이 반영된 결과입니다.

폐지 대신 도입되는 '평생 2억 원 세액공제'의 조건과 적용 방식

개정안이 통과되면 기존의 양도차익 공제 방식에서 벗어나 양도소득 산출세액에서 직접 2억 원 한도로 차감하는 방식으로 바뀝니다. 이 세액공제는 1인당 평생 한도로 적용되며, 부부 공동명의 시 각각 2억 원씩 총 4억 원까지 활용 가능합니다. 다만 실거주 요건을 충족해야 하며, 보유 기간과 거주 기간에 따라 공제 가능 금액이 달라질 수 있습니다. 정부는 단순 보유자보다 실제 거주자의 세 부담을 낮추는 방향으로 설계하고 있습니다.

현행 장특공제 vs 개정안 세액공제 비교표

항목	현행 장특공제	개정안 세액공제 (2억 한도)
적용 방식	과세대상양도차익에 공제율 곱해 차감	산출세액에서 직접 차감
최대 공제 혜택	양도차익 최대 80% 공제 (고가주택일수록 유리)	최대 2억 원 한도 (고가주택 혜택 축소)
보유·거주 요건	보유 3년 이상, 거주 2년 이상 (최대 80%까지)	실거주 요건 강화, 미거주시 공제율 축소 가능
고가주택 영향	양도차익 15억 원 기준 최대 1.2억 원 공제	최대 2억 원 한도이므로 고차익주택 부담 증가

국세청과 정부의 공식 입장은? (2026년 6월 기준)

국세청은 "장특공제 개편안은 현재 국회에 계류 중이며, 법이 통과되기 전까지 현행 규정이 적용된다"고 공식적으로 밝혔습니다. 정부는 지방선거 이후 시장 안정화를 위해 추가 세제 개편을 검토 중이며, 보유세 강화와 장특공제 정비를 동시에 추진할 가능성이 큽니다. KB증권의 보고서에 따르면 7월 나올 세법개정안에서 '실거주 요건'과 '다주택 보유 부담'이 핵심 키워드로 부각될 전망입니다.

1세대1주택 고가주택 양도소득세 계산 구조

1세대1주택 고가주택은 양도가액이 12억 원을 초과하는 경우 초과분에 대해서만 양도소득세가 부과되며, 장특공제 적용 후 과세표준을 산출해 세율을 적용합니다. 아래 6단계 계산 과정을 통해 자신의 조건에 대입해 보시기 바랍니다.

양도세 계산 6단계 (과세대상 양도차익 안분, 장특공제, 세율 적용)

1단계 – 양도가액에서 취득가액과 필요경비를 차감하여 전체 양도차익을 산출합니다.
2단계 – 전체 양도차익 × (양도가액 – 12억 원) / 양도가액 = 과세대상 양도차익을 계산합니다.
3단계 – 과세대상 양도차익에 장특공제율을 곱하여 장특공제액을 뺍니다.
4단계 – 과세대상 양도차익 – 장특공제액 = 과세대상 양도소득금액.
5단계 – 과세대상 양도소득금액에서 기본공제(연 250만 원)를 차감하여 과세표준 산출.
6단계 – 과세표준 × 세율 – 누진공제 = 최종 산출세액.

12억 원 초과분 안분 계산법을 실제 사례와 함께 이해하기

예를 들어 양도가액 25억 원, 취득가액 10억 원, 필요경비 5천만 원인 경우 전체 양도차익은 14억 5천만 원입니다. 이 중 12억 원 초과 비율은 (25억 – 12억) / 25억 = 0.52이므로 과세대상 양도차익은 14억 5천만 원 × 0.52 = 약 7억 5천4백만 원입니다. 여기에 장특공제 80%를 적용하면 1억 5천만 원만 과세 대상이 되지만, 개정안이 적용되면 세액공제 2억 원 한도로 전환되어 부담이 크게 늘어납니다. 실제로 10년 보유·10년 거주 기준으로 현행은 약 1.2억 원 세금이지만, 개정안은 약 2.5억 원으로 1.3억 원 증가하게 됩니다.

장특공제 최대 80%를 받기 위한 보유·거주 기간 조건

현행법상 장특공제는 보유 기간별 공제율(최대 40%)과 거주 기간별 공제율(최대 40%)이 합산되어 최대 80%까지 적용됩니다. 보유 기간은 3년 이상부터 적용되며, 거주 기간은 2년 이상이어야 합니다. 구체적인 공제율은 다음과 같습니다.

보유 기간	거주 기간	합산 공제율
3년 이상	2년 이상	24%
5년 이상	3년 이상	40%
10년 이상	5년 이상	60%
15년 이상	10년 이상	80%

장특공제를 최대한 활용하려면 보유 기간과 거주 기간을 모두 충족해야 하며, 거주 기간이 부족하면 공제율이 낮아집니다. 2026년 개정안이 통과되면 이 표는 더 이상 의미가 없어지므로, 매도 계획이 있다면 2026년 하반기 이전에 장특공제를 적용받는 것이 유리할 수 있습니다.

보유세 공정시장가액비율과 종부세 변화 전망

2026년 공시가격 현실화율이 5%포인트 인상되고 공정시장가액비율이 60%에서 65%로 상향될 경우 보유세 부담은 10~20% 증가할 전망입니다. 정부는 실거주 1주택자에 대한 혜택을 유지하되, 다주택자와 초고가 주택에 대한 보유세를 강화하는 방향으로 정책을 설계하고 있습니다.

공정시장가액비율 인상 시 보유세 계산 예시

서울 주요 아파트 기준으로 공시가격 20억 원인 주택의 경우, 현행 공정시장가액비율 45%를 적용하면 재산세 과세표준은 9억 원입니다. 여기에 종부세가 추가되면 보유세는 약 1,200만 원 수준입니다. 공정시장가액비율이 65%로 오르면 과세표준이 13억 원으로 늘어나 보유세가 약 1,500만 원으로 상승합니다. 2026년 11월 국토부 발표에 따르면 2026년 서울 주요 아파트 공시가격이 5~10% 상승할 것으로 예상되며, 보유세 부담은 더욱 커질 전망입니다.

종합부동산세 과세 기준과 세율 변동 사항

종부세는 공시가격 합계액에서 기본공제(1세대1주택 12억 원, 일반 9억 원)를 차감한 후 과세표준에 세율을 적용합니다. 2026년에는 세율 인상과 함께 다주택 중과세율이 강화될 가능성이 큽니다. 현행 세율은 0.6~3.0%이며, 3주택 이상 조정대상지역 2주택은 1.2~5.0%입니다. 정부는 이 구간을 0.1~0.5%p 인상하는 방안을 검토 중입니다.

2026년 예상 보유세 변화표

주택 공시가격	현행 보유세 (추정)	개정안 보유세 (추정)
10억 원	약 350만 원	약 420만 원 (+20%)
20억 원	약 1,200만 원	약 1,500만 원 (+25%)
30억 원	약 2,500만 원	약 3,200만 원 (+28%)

실거주 1세대1주택자에게는 공정시장가액비율 특례와 고령·장기보유 세액공제가 적용되므로, 실제 부담 증가폭은 위 표보다 다소 낮을 수 있습니다. 하지만 비거주 1주택자나 다주택자는 보유세 부담이 크게 늘어날 전망입니다.

양도세 신고 실무 팁과 필요경비 증빙

양도소득세를 정확히 신고하려면 필요경비 증빙을 철저히 준비하는 것이 가장 중요합니다. 필요경비가 많을수록 과세표준이 낮아져 세금이 줄어듭니다. 특히 장특공제가 폐지되더라도 필요경비 증빙은 여전히 유효한 절세 방법입니다.

필요경비 증빙을 철저히 해야 하는 이유와 항목별 체크리스트

필요경비에는 취득세, 등록세, 중개수수료, 법무사 비용, 자본적 지출(리모델링, 증축 등)이 포함됩니다. 각 항목의 영수증과 계약서를 5년 이상 보관하는 것이 좋습니다. 특히 자본적 지출의 경우 국세청이 인정하는 범위가 엄격하므로, 공사 견적서와 세금계산서를 반드시 챙겨야 합니다. 실무에서 자주 누락되는 항목은 취득 당시 지급한 부가가치세와 법무사 수수료입니다. 이러한 비용을 증빙하지 못하면 양도세 부담이 불필요하게 높아질 수 있습니다.

매도 시점 선택: 2026년 중 vs 2027년 이후, 유리한 시기는?

장특공제 폐지가 2026년 하반기 이후로 예정되어 있으므로, 2026년 12월 31일 이전에 매도하면 현행 장특공제를 적용받을 수 있습니다. 반면 2027년 이후 매도 시 개정안 세액공제가 적용될 가능성이 높습니다. 고가주택(양도차익 10억 원 이상) 보유자라면 2026년 내 매도가 유리하며, 저가주택(양도차익 5억 원 이하) 보유자는 오히려 세액공제가 더 유리할 수 있습니다. 정확한 비교를 위해 세무사 상담을 권장합니다.

부부 공동명의 활용법 – 세액공제 한도 2배로 늘리기

개정안의 세액공제 한도는 1인당 2억 원이므로, 부부가 각각 1주택씩 보유하거나 공동명의로 전환하면 총 4억 원까지 공제받을 수 있습니다. 단, 공동명의 전환 시 증여세 문제가 발생할 수 있으므로, 10년간 증여재산 합계 5,000만 원(배우자) 이내로 조정하는 것이 안전합니다. 세무 전문가들은 "장특공제 폐지에 대비해 부부 간 증여를 활용한 절세 전략을 사전에 수립하는 것이 좋다"고 조언합니다.

2026 부동산 세제 개편, 자주 묻는 질문 (FAQ)

독자분들이 가장 궁금해하는 핵심 질문 5가지를 정리했습니다. 아래 내용을 통해 자신의 상황에 맞는 답변을 찾아보시기 바랍니다.

장특공제가 폐지되면 12억 이하 주택도 영향이 있나요?

12억 이하 주택은 양도소득세 비과세 대상이므로 장특공제 폐지의 직접적인 영향을 받지 않습니다. 다만 보유세 인상으로 인해 보유 기간 중 세 부담이 늘어날 수 있습니다. 12억 초과 주택만 양도세 과세 대상이므로, 12억 이하 실거주자는 크게 걱정하지 않으셔도 됩니다.

1세대1주택 비과세 조건은 그대로 유지되나요?

1세대1주택 비과세 조건(2년 이상 보유·거주, 양도가액 12억 원 이하)은 현행 유지될 가능성이 높습니다. 정부는 실거주 1세대1주택에 대한 비과세 혜택을 축소할 계획이 없다고 밝힌 바 있습니다. 다만 장특공제 폐지와 별개로 비과세 요건은 별도로 검토될 수 있습니다.

보유세 인상이 확정되면 언제부터 적용되나요?

공정시장가액비율 인상은 시행령 개정만으로 가능하므로 2026년 7월 이후부터 적용될 수 있습니다. 종부세 세율 인상은 법 개정이 필요하므로 2027년부터 시행될 가능성이 큽니다. 실제 적용 시기는 정부의 발표를 지켜봐야 합니다.

다주택자는 장특공제 폐지와 별도로 양도세 중과도 다시 적용되나요?

다주택자에 대한 양도세 중과 유예는 2026년 5월로 종료되었습니다. 2026년 6월 이후 다주택자가 양도하는 경우 기본세율(6~45%)에 중과세율(10~20%p 가산)이 적용됩니다. 여기에 장특공제 폐지까지 겹치면 세 부담이 크게 늘어날 수 있습니다.

세액공제 2억 원 한도는 1인당인가요, 1세대당인가요?

개정안은 1인당 평생 2억 원 한도로 설계되었습니다. 따라서 부부가 각각 주택을 보유하고 있다면 각각 2억 원씩 총 4억 원까지 세액공제를 받을 수 있습니다. 공동명의 주택의 경우 소유 지분 비율에 따라 각각의 한도가 적용됩니다. 이는 부부 공동명의 전환의 주요 동기가 될 수 있습니다.

※ 공식 정보 출처 및 참고 자료

공식 기관 / 출처	주요 참고 자료 및 안내처
국민참여입법센터	장기보유특별공제 폐지 의안 제2218197호 (대표 누리집: opinion.lawmaking.go.kr)
국세청	양도소득세 장기보유특별공제 안내 및 신고 서비스 (대표 누리집: www.nts.go.kr)
조선비즈	2026년 부동산 세제 개편 관련 기사 (대표 누리집: biz.chosun.com)
KB생각	지방선거 이후 세제 개편 시나리오 분석 (대표 누리집: kbthink.com)

면책 고지 — 본 포스팅은 2026년 6월 기준 공개된 정보를 바탕으로 작성되었으며, 개별 납세자의 구체적인 세금 부담을 보장하지 않습니다. 세법 개정 상황은 변경될 수 있으므로, 실제 양도소득세 및 보유세 신고·납부에는 반드시 전문 세무사와 상담하시기 바랍니다. 국세청 상담센터(126)를 통해 무료 사전 상담을 받을 수 있습니다.